Witraże w południowych oknach frontonu poświęcono żołnierskiej dewizie BÓG, HONOR i OJCZYZNA; równocześnie postaci tytułu kościoła, Matce Bożej Królowej Polski. Co ciekawe artysta ukrył w oknach wyrazy zapisane morskim międzynarodowym kodem sygnałowym (MKS). Czytane są z góry ku dołowi oraz widoczne są z morza, zwłaszcza przy rozświetlonym wnętrzu kościoła. Na ścianie wschodniej świątyni okna proponują hymn na cześć Stwórcy, Chwalcie Pana z niebios (Psalm 148). Od strony prezbiterium w kierunku chóru dostrzegamy Jasność, której ciemności nie ogarnęły, są wody i piękno; które skrywają morza. Jest też budowa arki, potop, tęcza – znak przymierza między Bogiem i wszelkimi istotami żyjącymi. Tęcza rozpoczyna także Tajemnice Radosne z wojskiem Aniołów na gorejącym niebie. Zachodnie okna nawy począwszy od wejścia kontynuują tajemnice różańcowe. Tajemnice Bolesne umieszczono w ogromnej rybie w której przebywał Jonasz. Zmartwychwstanie rozpoczyna Tajemnice Chwalebne, umieszczone między Wieczernikiem usytuowanym niżej, a Miastem na Górze. W prezbiterium okna w złocistej tonacji wyróżniają światłem jego wnętrze, w kontraście do nawy utrzymanej w błękitach. Osiem okien prezbiterium poświęcono Błogosławieństwom Chrystusa.